DNA/RNA合成儀(以DNA為例)的使用方法涵蓋試劑準備、序列輸入、參數(shù)設置、合成柱檢查、管路清洗、合成過程監(jiān)控及產(chǎn)物處理等多個環(huán)節(jié)，以下是詳細介紹：
 

　　試劑準備：
 

　　仔細檢查合成儀上所有試劑瓶中的試劑量，必要時換掉試劑瓶，特別注意乙腈等用量較大的溶劑。
 

　　確保試劑瓶組和堿基瓶組密封良好，保持一定壓力，防止外界空氣進入影響合成效果。
 

　　序列輸入：
 

　　將要合成的DNA序列輸入合成儀，可通過計算機輔助設計軟件完成，考慮密碼子偏好性、二級結構和限制酶位點等因素。
 

　　檢查選擇的合成步驟是否正確，確保合成過程按照預設的流程進行。
 

　　參數(shù)設置：
 

　　選擇結束方法，儀器的原始狀態(tài)通常為TritylOffAuto，若打算以5'-DMT基團連接純化寡核苷酸，則將其轉變?yōu)門ritylOnAuto結束狀態(tài)。
 

　　在每個柱監(jiān)視器的Username下，輸入所希望的保存名字，方便后續(xù)管理和追蹤。
 

　　以代碼代替相應的DNA序列標記每一個收集瓶，便于識別和分類。
 

　　合成柱檢查：
 

　　運行StartColumn步驟檢查每一個柱的位置，確保合成儀上合成柱處于正確的位置，避免因位置偏差導致合成失敗。
 

　　檢查連接在合成儀上的溶劑殘留(廢液瓶)是否充滿，防止因廢液瓶過滿導致液體溢出，影響合成環(huán)境。
 

　　管路清洗：
 

　　如果分部收集器用來收集每個DMT脫保護步驟的流出物，確保試管充分清潔干凈，并打開分部收集器，確保DMT廢液管路通向分部收集器。
 

　　啟動循環(huán)，運行開始程序清洗試劑管路，除去原來的試劑，防止舊試劑對新合成反應產(chǎn)生干擾。
 

　　合成過程監(jiān)控：
 

　　合成過程中，可通過電導流動池測定每個DNA合成循環(huán)內釋放的DMT陽離子的總電導，監(jiān)控合成反應的進行情況。
 

　　定期檢查合成儀的運行狀態(tài)，確保各項參數(shù)(如溫度、壓力、時間等)在正常范圍內。
 

　　DNA/RNA合成儀合成完成與產(chǎn)物處理：

 

　　合成完成后，取出載體進行切割并且脫保護，一般40bp以內的DNA片段至少需要2小時，鏈越長需要時間越長。
 

　　采用適當?shù)募兓绞?如OPC純化、PAGE純化、脫鹽純化、HPLC純化等)去除短片段和鹽離子，提高產(chǎn)物純度。
 

　　對純化后的DNA進行測序驗證，確保其序列與預期相符。